故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。

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此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也配音）和小杰（潘惠美配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南 绯色的不在证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”。之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的

某一日，平凡的女生春日朱纪在回老家的途中遭到了魔物的攻击，索性被少年鬼崎拓磨所救。之后，惊魂未定的朱纪被祖母告知，长久以来，村中封印着一把名为“鬼斩丸”的妖刀。而此刻，妖刀的魔力开始渐渐苏醒，从而吸引

故事的舞台是在山间的一个小村庄，主人公春日珠纪的父母因为工作原因而前往国外，而珠纪则是回到家乡季封村生活，而珠纪在回到家乡的路上突然被妖怪袭击，幸好被一个叫鬼崎拓磨的少年救下来。珠纪从祖母那里得知，村子中封印着一把被称为“鬼斩丸”的刀，目前由于某种原因封印变得薄弱，“鬼斩丸”开始苏醒并在村子中集结异形妖怪。　　而少女春日珠纪就是唯一有能力封印鬼斩丸的家族后裔。同时在接受命运安排的少女身边，也出现了一群被称为“守护者”的少年：包括口是心非的鬼崎拓磨、十分傲娇的鸦取真弘、外表冷漠但却很温柔的狐邑祐一、意外地不