在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

故事讲述一个自幼丧母的少年小杰，为了寻找失散多年的父亲，以及成为一个和父亲一样出色的“猎人”，踏上了崎岖而漫长的旅程，接受重重测试，途中遇上各色各样的同伴和敌人，各自为了不同的目的而展开一场又一场的战斗……在《全职猎人》的世界里猎人是个很受人尊敬的职业，亦引得无数人来参加猎人的测试，小杰在众考生中脱颍而出通过了猎人种种艰难的测试，终于如愿以偿成为一名猎人，但这样就结束了吗？不，真正的试炼才刚刚开始，想知道结果吗？让我们和小杰一起来到猎人的世界吧！