影片讲述一个小和尚斗智斗勇捉妖的故事。

宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出家僧

明末年间，明室大难临头，清兵入关，中原不保，身为主持的玄清禅师，接到明蜀王的秘函，动员全寺僧人保护明珠小公主，使得少林寺遭受到一场巨大浩劫，为少林寺写下一篇可歌可泣的悲壮史诗。

福建省福泉镇的龙村，地方繁荣，百姓安居乐业。虽然仍有一些投机者夹杂其中，但地方村民受到龙村少林国术馆馆主的维护，投机者无法施展其技俩。但龙村地方繁荣倒是引起外来恶徒的垂涎。福泉镇每年一度的国术竞技比赛

在风景如画的桂林，两户人家隔河相望，一家是武当嫡传的鲍笙凤，鲍家一连八个，皆为女儿，致武当剑法有失传之虞，鲍笙凤整日愁眉不展，更对对岸的少林一家怒目相视。十年前，少林弟子天龙、二龙从强盗秃鹰一伙手中救

将少林寺视为眼中钉的清廷利用安插在少林寺中的奸细提供的情报，调遣了各路高手火烧少林寺，处心积虑地想一举消灭少林子弟。事出突然，寺中僧人及俗家弟子仓促应战一番后十死其九。　　捡得性命的方大洪逃向广东与李

满清入主中原后，有讳于汉族民众以武术造反，严禁民间习武。少林本也应列禁例之内，但有鉴于寺中弟子皆武艺高强，清廷于是命少林选派弟子，教授八旗官兵武艺。然而有一将军深觉少林终乃清廷心腹大患，又不满于其隐匿

张正这名美籍华人被任命到中国大陆护送一件宝物运到美国。随后他来到了著名的少林寺等待消息。随和的他马上跟少林寺里一名七岁的小和尚清淳结下友谊之情。毕竟凡夫俗子与出家人的生活习惯存在很大的差异，就连文化差

一介贫民仁杰（刘家辉）为惩罚平时靠鱼肉百姓过日子的恶霸高峰（王龙威），假扮三德和尚对其展开攻势，不想被对方识破反遭一顿痛殴。其后，仁杰来到少林寺请求三德和尚传授功夫，但不被对方作正眼旁观。有感于仁杰的

满清入主中原后，有讳于汉族民众以武术造反，严禁民间习武。少林本也应列禁例之内，但有鉴于寺中弟子皆武艺高强，清廷于是命少林选派弟子，教授八旗官兵武艺。然而有一将军（王龙威饰）深觉少林终乃清廷心腹大患，又不满于其隐匿寺中武僧，仅指派俗家弟子前往授艺，终生挑拨南北少林两家，另双方自相残杀以剿少林之念。