在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

主人公三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了对少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但CGS受到了摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月当做诱饵后撤退了。少年们的领袖奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们进行反击，而三日月被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。

主人公三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了对少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但CGS受到了摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月当做诱饵后撤退了。少年们的领袖奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们进行反击，而三日月被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。

U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕

第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105—。即便经历了被视为展现人类和宇宙世纪未来的“阿克西斯撞击”，世界仍然是混乱的状态，不时地发生着军事冲突。地球联邦政府也愈加腐败，高层不仅让地球污染加速，还实行了非人道的“猎人”政策，强制把民间人带去宇宙。在地球圈这种腐败中出现了一位人物，叫马夫蒂·纳比尤·艾林，他统率着反地球联邦政府组织“马夫蒂”。他们不断暗杀地球联邦政府高官，干着残忍的恐怖行为，但也从强烈反感联邦政府的民众中获得了一定的支持。而自称“马夫蒂”本人，即组织的指挥者

　　U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介