故事讲述了“高达UC”后一年，超越人类智慧和力量的独角兽和报丧女妖渐渐被人们遗忘，而这时独角兽三号机同为RX-0的机体菲尼克斯在地球圈出现…

《机动战士高达SEED》是高达系列在2002年至2003年度放映的动画。续作为《机动战士高达SEED Destiny》在2004年播放。因各具魅力的角色，明星云集的声优阵容和高度商业化的宣传而受到较低龄观众层和女性观众的狂热追捧。与以往注重战争心理描写不同，本剧使用大量剧情描述几位主角间的情感纠葛，因而吸引一批从未看过高达的同好，引发高达系列的剧烈变化。

宇宙世纪 0079 年，SIDE 3「吉翁公国」正式对地球联邦政府宣战后将近一年时，在原本太空殖民卫星 SIDE 4「姆亚」的遗址「雷霆宙域」，一心想要夺回故土联邦军「姆亚同胞团」的「伊欧.弗莱明」少尉，与由战中失去肢体的吉翁军人所组成的实验狙击手部队「活死人师」的「戴瑞.罗伦兹」上士，各自怀着不同的目的与想法，爆发了激烈的攻防战……。