在那个遥远的日子，他们许下了无法实现的约定。第二次世界大战以后，因对战争的不同思想，日本被分为南北两个地域来统治。在尤尼恩统治下的北海道被建立在一个谜一样的“巨塔”里，暗中进行某种计划。而在美军所占领的日本本州，还没有人知道那座塔的真实目的。从海峡中间望去，可以更加清楚地看见那里的“巨塔”。对“巨塔”一直抱有未知的憧憬和敬畏的青森县少年藤泽浩纪和白川拓也一直希望依靠自身的力量飞到“巨塔”上去，於是利用了军队留下的废品，在山里战后遗迹中组装了一驾小型飞机。同时对“巨塔”感兴趣的还有和他们同年纪也是共同喜欢的

赛斯上校及其同伙因对平民展开报复行动被送到军事法庭审判，他为了避开终生监禁的刑期，而与皮斯卡法官达成认罪协议，但皮斯卡出尔反尔，赛斯相当生气，在逃狱后挟持了皮斯卡所搭乘的客机，打算将皮斯卡携带的间谍资料公诸于世，让皮斯卡身败名裂。军方派出救援队却宣告失败，救援队唯一的生还者麦特跟空服员凯丽携手合作，一起制服了劫机犯，凯丽在机场人员的指导下顺利让飞机安全降落。

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J 和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。

小伙穿越平行世界成为大富豪，因对钱不感兴趣，竟被误会成贫困生