故事发生在一条名为“海神号”的豪华游轮之上，灯火辉煌的大厅之中，衣着华丽的旅客们怀着激动的心情，等待着新年的到来。一场地震的发生让人们一下子从天堂跌入了地狱，海神号被巨浪掀翻，一时间穿舱内一片鬼哭狼嚎

黑夜，天神宙斯召见海神波塞冬，称其子偷了闪电火，要挟他若不尽快找回，必将开战。现实中，波塞冬与人妻萨利之子波西杰克逊是个大学生，17岁的他可以在水下呆7分钟，但对老师关于莎翁的提问不感兴趣。参观博物馆时，他遇到了摇着轮椅的人马老师。而文学老师却变身成了复仇女神，向他逼问闪电火的下落。

某一天，一颗陨石坠落地球，引发不可思议的时空扭曲。穿越时空隧道出现的，是来自40年后的未来假面骑士波塞冬（滨田贤二 饰）。与其它伙伴相比，这是一个好战求胜的战争狂，他发誓要打败所有现代的假面骑士。以此为契机，火野映司（渡部秀 饰）、后藤慎太郎（君岛麻耶 饰）和伊达明（岩永洋昭 饰）暂时告别普通人生活，挫败波塞冬的野心，并救回失踪良久的安库（三浦涼介 饰）。与此同时，邪恶组织财团X利用陨石带来的宇宙生命之种展开邪恶计划。为了保卫地球和宇宙，史上最强大的假面骑士部队集结于此……本片为假面骑士系列40周年纪念作

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