在一次原始森林的看守任务中，一位女看林人遇见了两位过着“后启示录”式蛮荒生活的生存者，一对父子。这对父子的信仰似乎自成一派，与自然的关系也微妙诡秘。看林人对这对父子的身世充满怀疑，但当他们的林中小屋在夜里被一种神秘生物袭击，她恍然发觉，在这片肆意生长的荒野，孕育着更加可怕的凶险…

小学生新星勉非常爱看《盖亚奥特曼》，他是奥特战士的忠实粉丝。一天晚上他在观看《盖亚奥特曼》的录像时被卷入奇怪空间，他在那里看见了一个红色光球，以及一名站在火海中的女孩。没想到第二天在学校，这个女孩竟然真的出现了，女孩的名字叫七濑理沙。放学后，勉在自家的仓库中居然看到了在奇怪空间里看到的红色光球。红球自称可以帮人实现任何愿望。勉在理沙的鼓动下，向球许愿希望可以见到电视中的角色高山我梦。没想到红球真的召唤出了我梦，同时还召唤出了怪兽撒旦比佐。我梦看到怪兽撒旦比佐后，变身成盖亚奥特曼后，将其击败。第二天，勉在朋

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20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为\

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“

承接上一季，盖亚、麦克斯和伊泽贝尔三人在洞穴里发现了和麦克斯长得一模一样的琼斯，并得知麦克斯是琼斯的克隆体。麦克斯的心脏在不断衰竭，他已时日无多。琼斯表现出想要拯救麦克斯的意愿，但盖林和伊泽贝尔并不相信他，认为他背后还有不可告人的计划。丽兹从洛杉矶回到罗斯威尔与麦克斯见面，她想要和他冰释前嫌，但被拒绝。麦克斯为了能够康复，而去见了琼斯，导致其逃出牢笼。身为独裁者的琼斯想要找到一个能够断开自己与麦克斯联系的方程式，因为他们之中的任何一人死亡都会导致二人一起死亡，他并不想让麦克斯成为自己的软肋。他用意识控制了

自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎和菲利浦合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚·S·克兰贝蒂的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们的阴谋

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