某个夜晚，首都圈警视厅高层举行例会。突然一名持枪男子闯入会场，将所有长官劫为人质。警方迅速调查劫匪身份，发现其竟是早已离职的前巡查部长八重坚哲也（小泽征悦饰）。此后不久，特种部队强突会场，营救行动圆满

某天，一辆运钞车遭到抢劫团伙袭击，高达2.6亿日元的现金被对方劫持。罪犯在逃跑过程中慌不择路，闯进了一座大型购物中心，并以此为据点劫持了多达50名的人质。警视厅搜查一课特殊搜查班（SIT）的宇佐木玲子进入现场与罪犯谈判，谁知就在关键时刻SAT突入现场，引发了中心的爆炸。御堂启一郎以主犯身份投降，而其他犯人则趁乱逃跑。数周后，玲子在羽田机场重逢当时作为人质的木元佑介，盘桓心底的疑问让她感觉到了些许异样。不久后劫机事件发生，劫持者要求释放御堂，否则一小时后将屠杀人质。危机时刻，玲子成为左右事件成败的关键……

本作是柯南第25部剧场版《名侦探柯南 万圣夜的新娘》的外传性质作品，回顾了高木涉和佐藤美和子之间的恋爱故事。最后附录的原创内容与《万圣夜的新娘》剧情相关，描绘了高木刑警和佐藤刑警婚礼前的样子。

东京都内发生了三起杀人事件。警方从所有案发现场都遗留有的无法解释的数列推断出这是一系列带有预告信息的连环杀人案，并就此展开了侦查。警视厅搜查一课的精英刑警新田浩介（木村拓哉 饰）破译出该数字预示着下一次作案的场所，他由此推测东京柯尔特西亚酒店将会成为第4起命案现场。然而凶手是谁却毫无线索。警方因此决定潜入东京柯尔特西亚进行调查，新田则要扮作前台人员追查凶手。受命指导他的是东京柯尔特西亚的优秀前台员工山岸尚美（长泽雅美 饰）。

盖南共和国的下届总统候选人占士·麦佳亚前往日本访问。警视厅派遣探员出任保镖贴身保护他，可是奇怪的是还要同时保护占士的女保镖新条安奈，这里面另有什么原因？！~麦佳到达日本后，他接到一个神秘人物的恐吓电话，于是他派性感女秘书萝莎通过中介委托……

没有月光的漆黑之夜，警方收到了一封针对由米花町的银行保管的樱桃蓝宝石的预告函。那个发件人，竟是大盗——鲁邦三世？！鲁邦的专职调查官、ICPO（国际刑事警察组织）的钱形警部，与警视厅的目暮警部搭档，集中警察全力要将鲁邦逮捕。随后引发了一连串大骚动！经过街道上激烈的追逐，鲁邦以华丽的技巧，得到了樱桃蓝宝石。得到了秘宝的鲁邦，在空无一人的安静码头打电话。其对方是自称阿朗·史密斯的神秘男子。阿朗的旁边，出现了峰不二子的身影……同时。海外的超人气的偶像——艾米利欧来到日本举行演唱会。电视转播中，少年侦探团发现了来日

位于东京都葛饰区的一座公寓内，一具高度腐烂的尸体被人发现。经警方初步查明，死者是来自滋贺县的押谷道子，她的死亡实属他杀。警视厅搜查一课刑警松宫调查发现，押谷此次上都是为了拜访并观看学生时代的好友浅居博美的舞台剧的。虽然浅居有充分的不在场证明，不过她和加贺恭一郎的合影依然引起松宫的注意。与此同时，在道子遇害公寓的附近，一具焚烧后的尸体被人发现。现场的一件遗物令加贺激动万分，因为这与他多年未曾谋面的母亲有着千丝万缕的关系。两起案件，以及失踪的人，将浅居和加贺再度连接在一起……

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？

关于冰箱的都市传说，传说起源于民国时期，因为一个男子的罪孽被惩罚，化身为冰箱流传于都市之间。被速冻过的人就可以获得美貌？冰箱中总会出现同一瓶布丁？冰箱中传来奇怪的声音究竟是……围绕冰箱展开的超大脑洞恐怖悬疑微剧！

东京和纽约，接连发生两起利用病毒Wizard制造的爆炸事件，该病毒的开发者亚历山大·卡罗琳娜·圆（堀北真希 饰）被人称作天才少女，而她正是冒失鬼ATARU（中居正广 饰）当年的旧相识。警视厅迅速成立搜查总部，冷峻干练的女性管理官星秋穗（松雪泰子 饰）亲自坐镇，指挥搜查的进行。谁知FBI带着ATARU突然介入，日美共同搜查总部旋即结成。就在此时，本已离职并经营起自己的侦探所的蛯名舞子（栗山千明 饰）也掺合进来。小圆锁定了罪虐深重的人，对他们展开了缜密的追杀。但其超高的智商，让日美警方全然摸不清头脑。AT