以遥远的未来为舞台，地上的生物沉入了海底，被微生物吃掉成为无机物体。由于长时间的结晶变成宝石生命体的存在。那个拥有宝石身体的28人，与袭击他们打算将其作为装饰品的月人展开了一场又一场的战斗。

架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！

塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转,并结识了詹奈。

诞生在宇宙群星之间的神秘种子，以帮助智慧生命突破文明瓶颈为使命，它们被称之为“超神学院”。超神学院孕育着成为神，乃至超越神的强大生命体。当星际战争降临，这些被创造出来的“神”，将不可避免地卷入宇宙纷争，变成宇宙中最绚烂的星辰，或是毁灭万物的武器！

钢铁武士为了保护艾美拉娜公主被人工星球囚禁在星球内部。赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士为了救他们也进入到了这个人工星球内部。在人工星球移动的过程中，被雷和日向撞见，于是雷和日向也进入到了这个星球内部。

贝利亚军团被毁灭后，赛罗奥特曼与火焰战士、镜子骑士、钢铁武士组成了“终极赛罗警备队”。现在他们准备再次拜访艾美拉娜公主。因为钢铁武士等不及面见公主殿下，所以他就率先出发了。没想到等赛罗、火焰战士、镜子

钢铁武士为了保护艾美拉娜公主被人工星球囚禁在星球内部。赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士为了救他们也进入到了这个人工星球内部。在人工星球移动的过程中，被雷和日向撞见，于是雷和日向也进入到了这个星球内部。

贝利亚军团被毁灭后，赛罗奥特曼与火焰战士、镜子骑士、钢铁武士组成了“终极赛罗警备队”。现在他们准备再次拜访艾美拉娜公主。因为钢铁武士等不及面见公主殿下，所以他就率先出发了。没想到等赛罗、火焰战士、镜子

贝利亚军团被毁灭后，赛罗奥特曼与火焰战士、镜子骑士、钢铁武士组成了“终极赛罗警备队”。现在他们准备再次拜访艾美拉娜公主。因为钢铁武士等不及面见公主殿下，所以他就率先出发了。没想到等赛罗、火焰战士、镜子骑士赶到的时候，却发现钢铁武士抱着公主殿下的飞船，被神秘星球给抓住了。另一边，雷与日向船长驾驶飞船前往行星布拉姆，准备去海边度假。没想到在飞行的路上，眼前突然出现了之前赛罗他们遇到的神秘星球。日向船长拜托熊野队员帮忙调查这颗星球的情况，随后雷和日向船长驾驶飞船潜入了星球的内部。在星球内部雷和日向遇到了艾美拉娜

钢铁武士为了保护艾美拉娜公主被人工星球囚禁在星球内部。赛罗奥特曼、火焰战士还有镜子骑士为了救他们也进入到了这个人工星球内部。在人工星球移动的过程中，被雷和日向撞见，于是雷和日向也进入到了这个星球内部。这个人工星球叫比特星球。星球内部为空洞，星球的中心有人造太阳，在其公转轨道上有月球。星球内的外壳内壁上有未来建筑物的废墟，再向内部延伸有岩石山体与干涸的海床。星球内部没有人，比特星球穿梭各个宇宙，它出现的地方会发生重力异常。比特星球的在內部造了大量的机器人军团，其目的是抹杀一切有机生命体。赛罗他们为了救出困在