2039年时，人类火星调查队在火星的塔尔西斯高地上发现异文明的遗迹，但却被突然出现的异生命体攻击而全军覆没。于是为了对抗被命名为塔尔西斯（Tarsian）人的异生命体的威胁，联合国组成了联合国宇宙军。2046年时，当时就读于中学三年级的长峰美加子参加联合国宇宙军的机器人驾驶选拔被录取。翌年为了追查塔尔西斯人而被编入里希提亚舰队，跟着舰队旗舰里希提亚号从地球出发，留下她所喜欢的人，寺尾昇。当调查舰队追寻塔尔西斯人的痕迹，离地球越来越远时，两人的距离变成以光年来计算，两人的移动电话电子邮件要抵达所花费的时间也

诞生在宇宙群星之间的神秘种子，以帮助智慧生命突破文明瓶颈为使命，它们被称之为“超神学院”。超神学院孕育着成为神，乃至超越神的强大生命体。当星际战争降临，这些被创造出来的“神”，将不可避免地卷入宇宙纷争，变成宇宙中最绚烂的星辰，或是毁灭万物的武器！