捷德奥特曼击败他的父亲贝利亚奥特曼后，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，但其肉体却化为碎片飘散在宇宙，名为”恶魔碎片”。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。恶魔碎片能让怪兽变得凶暴，恶徒利用恶魔碎片，它开始毁灭行星，使宇宙陷入了危机，而它的下一个目标是地球。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”，在这支部队

1986年4月，苏维埃社会主义共和国联盟的切尔诺贝利核电站发生爆炸，成为世界上最严重的人为灾难之一。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一